1998年のUSSインディペンデンスの中東派遣を最後に、同空母は横須賀港に新たに配備される事になったUSSキティホークとの交換作業の為、空母と共にハワイへ一旦戻り、7月にUSSキティホークに搭載されて再び日本に向かった。空母キティホークは新たな横須賀基地の主となり、VS-21と共に2008年まで10年間第7艦隊で活躍することとなる。尚、同艦の後継には原子力空母USSロナルド・レーガンに決まった為、横須賀基地における最後の通常型空母になったわけだ。VS-21は母艦と共に活躍するが、2005年母艦の交代前に、その役割を終えて解隊される事になった。